Mehmet Ali Ağaoğulları 1950 yılında Edirne'de doğdu. Saint-Joseph Erkek Lisesi'nden sonra Strazburg Institut de l'Etude Politique'i bitirdi (1973). Aynı yıl Paris'teki Sorbonne Üniversitesi'nde yüksek lisans çalışmalarına başladı. 1979'da aynı yerde Doctorat d'Etat (devlet doktorası) derecesini alan Ağaoğulları, siyasal teoriler bilim dalında 1987'de doçent, 1993'te de profesör oldu. 1980 yılından beri Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde "Siyasal Düşünceler Tarihi" dersleri vermektedir.