Marmara Üniversitesi Sinema TV Bölümü'nden 1995'te mezun oldu. Bugüne kadar çektiği beş kısa filmle ulusal ve uluslararası festivallerde 14 ödül kazandı. 1999-2006 arası İstanbul Bilgi Üniversitesi Sinema TV Bölümünde öğretim üyesi olarak çalıştı. 2002'de Yrd. Doç. olan İlker Canikligil, 2006 yılında akademiden ayrıldı ve aynı yıl kurguladığı uzun film "Gen" ile 14. Adana Film Festivali'nde "En İyi Kurgu" ödülünü kazandı.