Ayhan Aktar 1953 yılında İstanbul'da doğdu. Boğaziçi Üniversitesi, Sosyoloji Bölümü'nden 1977 yılında mezun oldu. Daha sonra, İngiltere'de Canterbury şehrindeki Kent Üniversitesi'nde yüksek lisans eğitimine devam etti. 1980 yılında Marmara Üniversitesi, Kamu Yönetimi Bölümü'nde Prof. Dr. Mübeccel Kıray'ın yanında asistan olarak çalışmaya başlayan Ayhan Aktar, İstanbul Üniversitesi'nde başladığı doktora tezini 1989 yılında tamamladı. Bu çalışmasıyla, "Yayınlanmamış Sosyal Bilimler Araştırması" dalında birinci olarak '1990 Yunus Nadi Ödülü'nü kazandı. Aynı çalışma Kapitalizm, Az Gelişmişlik ve Türkiye'de Küçük Sanayi başlığı altında 1990 yılında yayımlandı. Daha sonra Türkiye'de devlet-gayrimüslim azınlık ilişkileri üzerine çalışmaya başlayan Ayhan Aktar'ın Varlık Vergisi ve "Türkleştirme" Politikaları başlıklı kitabı 2000'de yayımlandı. Prof. Dr. Ayhan Aktar, Marmara Üniversitesi, İngilizce Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü'nde öğretim üyesidir.