1960'ta Cenevre'de doğan Edhem Eldem, ortaöğrenimini 1977'de Saint Joseph Lisesi'nde tamamlar. Önce Boğaziçi Üniversitesi Endüstri Mühendisliği Bölümü'ne girer. Bu bölümde üç sömestr okuduktan sonra geçtiği Siyaset Bölümü'nde lisans öğrenimini 1982'de tamamlar ve Siyaset ve Kamu Yönetimi Bölümü'nde yüksek lisans yapar.

1983'te Fransız hükümetinin bursuyla Fransa'ya giderek Aix-en-Provence Üniversitesi'nde Prof. Robert Mantran'ın yanında "18. Yüzyılda İstanbul'da Fransız Ticareti" üzerine doktora tezine başlar. Eğitimi boyunca, doktoraya gelinceye kadar gerçek anlamıyla tarih ve historiografi eğitimi almamıştır. O nedenle Eldem kendini alaylı sayıyor ve "tarihçiliğin belki de bir özelliği, eninde sonunda biraz herkese açık bir alan olmasıdır" diyor. 1989'da doktorasını tamamladıktan sonra Boğaziçi Üniversitesi'nin Tarih bölümüne öğretim üyesi olarak giren Eldem 1991'de doçent olur.

Eldem altı sene boyunca Fransa'nın 18. yy'daki İstanbul ticareti üzerine belgelerle uğraşıp tezini tamamladıktan sonra da daha çok belgelere dayalı konular üzerinde yoğunlaşır. Bu konulardan biri de şu anda üzerinde çalıştığı Osmanlı Bankası'dır.

1990'da Fransız Anadolu Araştırmaları Enstitüsü'nde araştırmacı olarak çalışırken, o zamanlar Fransız yönetiminde bulunan Osmanlı Bankası, Bulgur Palas'ta bulunan arşivinin genel bir envanterinin çıkarılması için enstitüye başvurur. Görevi Eldem üstlenir ve birkaç yıllık bir çalışmanın neticesinde bu arşivin envanteri meydana çıkar. 1996'da bankanın yeni yönetimi bu projeyi tekrar canlandırmayı istediğinde Eldem Tarih Vakfı adına bu arşivin kullanıma açılması için gerekli altyapının oluşturulmasını üstlenir. Osmanlı Bankası arşivlerinden hareketle, 19. yy sonu ve 20. yy başı Osmanlı iktisat tarihi, Osmanlı ticaret tarihi ve her şeyden çok da Osmanlı sosyal tarihi üzerinde yoğunlaşır.

Yine enstitü kanalıyla oluşan bir proje çerçevesinde, o zamanlar enstitünün müdürü olan Jean-Louis Bacqu‚-Grammont ve Nicolas Vatin'le birlikte Merdivenköy'deki Bektaşi-Alevi tekkesi ve tekkenin etrafında bulunan bir mezarlık üzerinde çalışmaya başlar. Mezar taşlarında Osmanlı sosyal tarihinin bir başka boyutu yatmaktadır. Son olarak üzerinde çalıştığı proje de, Abdülhamid'in 1876'da tahta geçmesinin ardından Çırağan'a kapattığı V. Murad ve oğlu Selahaddin Efendi'ye ait belgeler. Selahaddin Efendi'nin hatıratı ve günlükleri ışığında 19. yy sonu 20. yy başında Osmanlı toplumunun belirli bir kesitinin yaşamını yakalama fırsatı bulur. Bütün bu tesadüfler Edhem Eldem'i Osmanlı sosyal tarihi ile ilgilenen bir tarihçi haline getirir.