Taner Baytok, Birleşik Arap Emirlikleri, Danimarka, İrlanda ve İsviçre büyükelçisi olarak görev yaptı. Dışişleri Bakanlığı Stratejik Araştırmalar ve Silahsızlanma genel müdürü, Siyaset ve Planlama ve Avrupa Birliği İşleri genel müdürü olarak çalıştı. Savuma ve AB'den sorumlu devlet bakanlarının başdanışmanlığını yaptı. NATO ve Varşova Paktı ülkeleri arasında Karşılıklı ve Dengeli Kuvvet İndirimleri Müzakereleri'nde Türkiye'yi temsil etti. Avrupa Birliği'yle yürütülen Gümrük Birliği müzakerelerinde ve EFTA-Türkiye arasında imzalanan Serbest Ticaret Anlaşması heyet başkanıydı. Taner Baytok, uzun yıllar Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'de, Koç ve Bilkent üniversitelerinde ders verdi. Taner Baytok'un Türk Tanzimat Hukuku, İngiliz Kaynaklarından Türk Kurtuluş Savaşı, Diplomasi Düşleri, Bir Asker Bir Diplomat ve Dış Politikada Bir Nefes adlı kitapları yayınlanmıştır.